目前，纤维内镜检查被广泛用于胃肠道和呼吸道疾病的诊断：(1)上消化道检查，包括胃、十二指肠、上部宫肠检查，诊断炎症(浅表型炎症、萎缩性炎症、肥厚型炎症、溃疡、肿瘤、息肉、憩室等。(2)纤维结肠镜检查可用于下消化道病变，尤其是不明原因的下消化道出血、下腹痛和腹泻有很大意义。如肠结核、溃疡性结肠炎、节段性肠炎、回肠炎、结肠肿瘤等。(3)纤维支气管镜检查可诊断支气管异物和肿块等病症。