中草药饲料添加剂有很多优点，但也存在不少的问题，养殖户切忌盲目使用中草药饲料添加剂。目前市场上销售的一些中草药饲料添加剂主要存在以下问题：
配方设计不科学
大多数饲料添加剂生产企业，在制定中草药饲料添加剂配方时，一是借助中医资料记载优选，二是根据中草药的用途、功能进行组方，再通过饲养试验，检验其效果后优选。一个组方虽然效果显著，但发挥作用的是哪些主要化学成分还不十分清楚，对药物在动物机体内的变化、作用结果没有进行更深入的研究，甚至忽视组方中有害的一面，片面追求使用效果。即使是较好的组方也没有系统的科学试验理论佐证。
产品粗糙
大部分中草药饲料添加剂均是将原料药进行粉碎、搅拌后直接添加于饲料中。部分厂家仅停留在粗制品的生产水平上，一般添加量都在1%以上，有的高达10%，不仅产品运输、保存不方便，而且易改变饲料中的营养成分，造成使用困难。加之中草药大都有辛、苦、咸、酸、甘等味，添加量过大可影响到饲料的适口性，推广难度加大。
缺乏微量化产品
要适应现代化饲料生产工艺要求，就必须针对单方或复方采取不同的方法分离、提纯、萃取或精制，获得其有效成分或生物活性物质后制成预混粉剂、备溶粉剂、颗粒剂、口服液、包衣微囊剂等剂型。
缺乏系统化产品
应根据中草药的特性，生产出不同作用方向的添加剂，打破目前一组方剂多种用途的局面。如促产蛋剂、促生长剂、畜产品质量改善剂、蛋黄色泽增强剂、猪肉瘦肉率提高剂、畜产品风味剂、免疫功能促进剂等系列化产品，以适应饲养业发展的要求。���
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