棉花从出苗到现蕾的一段时间为苗期，大约经历40-45天。此期由于气温仍然较低，幼苗嫩小，抗病力弱，极易受病虫危害造成缺苗断垄，或使棉花生长受阻，影响壮苗早发。苗期根病类病害可引起烂种、烂芽、根腐、茎基腐等，常见的有立枯病、炭疽病、红腐病等；叶病类可引起子叶、真叶、幼芽和嫩茎的局部坏死和焦枯，常见的有黑斑病、褐斑病、棉疫病等，同时，棉花枯、黄萎病苗期即可发病。棉花苗期虫害主要有地下害虫、棉蚜等。

　　1、病害防治：

　　⑴枯、黄萎病：枯、黄萎病是影响棉花生产的重大病害，特别是连作3年以上的棉田发病较重。枯萎病在棉花幼苗期即可发病，但以棉苗现蕾前后发病最盛，黄萎病在棉株4-5片真叶时开始发病，在棉花开花结铃期发病最重。发病引起叶片卷曲、失绿、维管束受害变褐，影响水分运输，常造成大量死苗，或使棉花产量降低、品质下降。其以土壤、种子带菌为主，因此在防治上以播种前的种子消毒处理为关键措施。

　　苗期田间如发现零星病株，应立即拔除烧毁。发病较重田块可亩用棉枯净30克对水45公斤或用1%碘1500-2000倍液、12.5%速效治萎灵等药剂加磷酸二氢钾、绿风95等叶面肥，采用喷雾与灌根相结合的方法，每株用药液50-100毫升，隔5天用药一次，连续用药2-3次。未发病地块，应喷洒黄腐酸有机肥或绿风95、磷酸二氢钾等叶面肥，以提高棉株抗病力，减少发病。掌握每7天一次，连喷2-3次。

　　⑵立枯病、炭疽病、黑斑病、褐斑病：可在病害始发期用50%多菌灵可湿性粉剂500-800倍液或75%甲基托布津可湿性粉剂800-1000倍液喷雾进行防治，每7天喷一次，连喷2-3次。

　　⑶棉疫病：为害幼苗和棉铃。苗期子叶及真叶发病，发病多从叶缘开始，初为暗绿色水渍状小斑，后逐渐扩大，病斑周围暗绿色，中部呈灰褐色，最后形成不规则形枯斑，在高湿条件下，病斑蔓延迅速，可延及刚抽出的幼嫩叶片，心芽枯黑致死。苗期多阴雨，土壤湿度大，利于发病。

　　防治棉疫病可用85%疫霜灵可湿性粉剂或70%代森锰锌可湿性粉剂600-800倍液喷雾防治，每5天用药一次，连续用药3-4次。

　　⑷茎枯病：茎枯病在棉花整个生育期均可发病，以苗期、蕾期发病较重。叶片受害，边缘初生紫红色，中部灰白色小圆斑，后病斑扩大，呈不规则形，病组织常破碎、凋落。气候潮湿时，叶片上初呈稍带水渍状病斑，蔓延迅速，严重时叶片像用开水烫过，萎垂变黑，脱落成光杆。茎上呈现暗褐色的长条形溃疡，逐渐扩大，中央凹陷。气温低、连续阴雨、蚜虫发生重，有利发病。

　　发病田块可用50%多菌灵可湿性粉剂、70%代森锰锌可湿性粉剂600-800倍液喷雾进行防治，隔5天用药一次，连续用药3-4次。

　　2、虫害防治：

　　⑴地下害虫：小地老虎是棉花苗期的主要地下害虫，常造成植株死亡，缺苗断垄。发生较重田块可用40%辛硫磷乳油500-800倍液灌根或亩用1.5%1605粉2-3公斤拌细土20公斤撒施结合浇水进行防治，可兼治蝼蛄、蛴螬等其它地下害虫。

　　⑵苗蚜：苗蚜是棉花苗期的主要虫害。当田间棉株卷叶株率达20%以上时，应立即用药防治。可用10%吡虫啉可湿性粉剂2000倍液或3%啶虫脒可湿性粉剂3500-4000倍液喷雾进行防治。防治药剂应轮换使用。

　　⑶棉铃虫：棉花蕾期正值二代棉铃虫发生危害期。由于现在大多种植的为抗虫棉，对二代棉铃虫抗性较好，一般不用用药进行防治。

　　⑷棉盲蝽象：以成、若虫刺吸棉株汁液，造成蕾铃脱落，棉株破头破叶、破枝丛生。棉花生长旺盛、蕾花较多的棉田，发生较重。随着近年来抗虫棉的普及，棉田用药次数的减少，棉盲蝽象发生日益严重。棉花蕾期正值二代盲蝽象发生危害期，应注意进行防治。可用4.5%高效氯氰菊酯乳油1000倍液加10%吡虫啉可湿性粉剂1000倍液喷雾进行防治，注意用药时间应选择在清晨或傍晚。

　　⑸棉红蜘蛛：多集中在棉叶背面，刺吸汁液，使棉株组织造成机械伤害，同时分泌有害物质毒害叶片组织。棉叶受害后，先出现失绿的黄白斑点，继而出现局部红斑，红斑扩大、焦枯，状如火烧。在棉花生长中期有几次发生高峰，应注意进行查治。可用40%氧化乐果乳油2000倍液或20%三氯杀螨醇1000-2000倍叶喷雾进行防治。